Pada akhir tahun 1990-an, Kabupaten Indramayu menghadapi berbagai tantangan sosial dan ekonomi yang signifikan. Berdasarkan data tahun 1999, Indramayu termasuk dalam salah satu kabupaten dengan Indeks Pembangunan Manusia (IPM) terendah di Provinsi Jawa Barat. Situasi ini diperparah oleh fenomena sosial-budaya yang melekat di masyarakat, di mana Indramayu kerap dicap sebagai kabupaten dengan perilaku prostitusi yang cukup tinggi.
Tantangan ini mendorong para tokoh Islam setempat, didukung oleh Bupati Indramayu saat itu, Muhamad Irianto Syaifudin atau yang lebih dikenal dengan nama Bupati Yance, untuk merumuskan sebuah strategi dalam merubah stigma negatif ini. Mereka berkomitmen mengubah citra Indramayu menjadi kabupaten yang lebih bermartabat dan religius, dengan menyediakan akses pendidikan tinggi yang berkualitas dan terjangkau bagi masyarakat.
Pada masa itu, pilihan perguruan tinggi, terutama yang bernuansa keagamaan Islam, sangat terbatas dan sulit diakses oleh masyarakat Indramayu terutama karena persoalan biaya pendidikan yang cukup tinggi sementara sebagian besar masyarakat Indramayu bermata pencaharian sebagai petani yang memiliki penghasilan terbatas. Pemikiran inilah yang menjadi dasar pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Sayid Sabiq Indramayu. Perguruan tinggi ini didirikan sebagai respons atas kebutuhan mendesak untuk menciptakan lingkungan pendidikan yang kondusif dan berkualitas, serta membangun sumber daya manusia yang kokoh secara spiritual dan moral.
Sekolah Tinggi Agama Islam Sayid Sabiq Indramayu berdiri pada tanggal 4 April 2001 berdasarkan SK Dirjen Kelembagaan Islam Departemen Agama RI Nomor E/57/2001. STAI Sayid Sabiq pada awalnya memiliki 6 program studi yakni D2 PGSD, D2 PGTK, D3 Bahasa Inggris, Pendidikan Agama Islam, pendidikan bahasa Arab dan Perbankan Syariah. Namun seiring berjalannya waktu dan berbagai aturan maka program studi yang tersisa yakni S1 Pendidikan Agama Islam dan S1 Perbankan Syariah. Semua program studi berada dibawah naungan Kementerian Agama Republik Indonesia melalui Kopertais wilayah Jawa Barat.
Sesuai nomenklatur pemerintah khususnya UU no. 12 Tahun 2012 ttg Pendidikan Tinggi & PP No. 4 Th 2014 ttg Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi dan Pengelolaan Pendidikan Tinggi, maka pendiri STAI Sayid Sabiq menyesuaikan regulasi tersebut dengan mendirikan Yayasan dengan nama Yayasan Pembina Sayid Sabiq yang telah disahkan melalui Akta Notaris Ujang Mashur, S.H.,MH, di Indramayu, nomor 20 tanggal 22 Juli 2010 dengan pengesahan SK Kemenkumham Nomor: AHU.4392.AH.01.04 Tahun 2010 di Jakarta tanggal 21 Oktober 2010.
Sejak didirikan, STAI Sayid Sabiq telah berkomitmen memberikan pendidikan yang berkualitas dengan biaya yang terjangkau, sehingga bisa diakses oleh seluruh lapisan masyarakat Indramayu. Hingga saat ini, STAI Sayid Sabiq telah berhasil memberikan warna baru dalam perkembangan masyarakat Indramayu. Kontribusi nyata STAI Sayid Sabiq terlihat dalam peningkatan IPM masyarakat Indramayu dan perubahan citra kabupaten menjadi lebih positif. Dengan berbagai program pendidikan dan penelitian yang inovatif, STAI Sayid Sabiq terus berusaha menjaga komitmennya dalam menciptakan generasi yang cerdas, berakhlak mulia, dan siap menghadapi tantangan global.